Námitky se objevovaly už od začátku jejich nalezení, ale ozývali se pouze jedinci a ne celé skupiny. Jediným kdo vystoupil proti rukopisům razantně, byl Josef Dobrovský. Ten si začal vyměňovat názory někdy velmi ostrým způsobem skrze publikované články v různých časopisech s mluvčím obhájců pravosti, s V. A. Svobodou. Starý slavista především upozorňoval na jazykovou část písemností. Tvrdil, že jazyk nemohl být takový, jaký rukopisy ukazují, protože se chová podle domněnek, které byly formulovány teprve nedávno a na kterých se podílel i on sám. Shromáždil také několik názorů ze zahraničí, které však byly buď ignorovány, nebo zpochybněny tím, že je vyslovují bývalí žáci Dobrovského. Po smrti jediného odpůrce (r. 1829), obhájci v čele s Jungmannem¹, Palackým², Šafaříkem³ a dalšími ovládli pole okolo pravosti rukopisů. Svojí dominanci vyjádřili vydáním Die ältesten Denkmäler der böhmischen Sprache roku 1840, kde obhajovali pravost, snažili se je datovat a přinést zevrubný popis starobylých památek.

Avšak hegemonie obhájců se chýlila ke konci. Na začátku roku 1857 na žádost J. Feifalika⁴ Museum prozkoumalo PV a MPKV. Výsledky byly natolik šokující, že Musejní výbor s nimi otálel a tak byly zveřejněny až 1. prosince 1857. MPKV u zkoušek propadla, ale o PV se zpráva nevyjádřila. V dopise psaném Šafaříkem se však dozvídáme, že u zkoušek propadly dva zlomky.

V roce 1858 nepřímo obvinil německý pražský list Bohemia z padělání rukopisů Václava Hanku. Hanka odpověděl žalobou na redaktora listu Davida Kuha, kterého soud uznal vinným a odsoudil ho na dva měsíce vězení. Kuh se odvolal k vrchnímu zemskému soudu, který ho odmítl. Až samotná Vídeň zasáhla a Kuh dostal od císaře milost. Češi viděli v tomto procesu cílenou provokaci Němců. A tou skutečně byla. Policejní pražský komisař chtěl zakázat rukopisy, které působily na obyvatelstvo odbojným duchem, ale nemohl prostřednictvím cenzury zasáhnout, z toho důvodu, že rukopisy byly středověké památky. Ale kdyby se dokázalo, že jsou to jen podvrhy, nemohly by být vydávány.

„Jedni z nich přenášejí ten spor s pole vědeckého na národní a politické: kdo s nimi nekluše v pohodlných kolejích od mnoha let vyježděných, na toho neslušně se obořují, vyhlašujíce jej za nepřítele českého národa, ano, za zrádce…“⁵ Toto zaznělo skrze spis dokazující nepravost RKZ z úst profesora Antonína Vaška⁶ roku 1879. Tím předznamenal nástup nové generace odpůrců pravosti a vypuknutí sporu, který ponese název Boj o Rukopisy.

Roku 1886 byl uveřejněn ve vědeckém časopise T. G. Masaryka⁷ Athenaeum (založený r. 1883) článek Potřeba dalších zkoušek Rukopisu královedvorského a zelenohorského od profesora Jana Gebauera⁸. Za něho se postavil nejen Masaryk, ale i J. Goll⁹, J. Vlček¹⁰ a další. Dostali se však do stejné situace, do jaké se dostal před 70 lety i Josef Dobrovský. Čechové tento spor znovu brali jako útok z Vídně, noviny je v tom podporovaly. Vášně se natolik vyhrotily, že do Masarykových oken začaly létat kameny. Masarykova družina neustoupila a stále útočila na RKZ ze všech stran, rozebrala rukopisy z pohledu historického, jazykového, paleografického a dalších a označila je za falza. Zbýval jen poslední hřebík do rakve a ten měla zatlouct věda na člověku nezávislá – chemie.

Drtivé vítězství se však nekonalo. Dva chemikové, Vojtěch Šafaříček a Antonín Bělohoubek, kteří pracovali nezávisle na sobě, přišli s výsledky, že RKZ se chovají jako pravé. Gebauer navzdory všemu napsal článek pojednávající o tom, že pod jednou iniciálou¹¹ se našla tzv. berlínská modř používaná až od roku 1724. Tedy jasné falzum. Pozapomněl však, že pod modrou se nacházely ještě další barvy, takže berlínská modř mohla být nanesena na rukopis až později. Veřejnosti to však zjevně stačilo a přiklonila se na stranu odpůrců pravosti. A tak „pro pravdu očistili mužně český literární dějepis od romantické falše.“¹²

TGM se ke sporu o RKZ vyjádřil takto: „Pro mne otázka Rukopisů byla v první řadě otázkou mravní – jsou-li podvržené, musíme se z toho před světem vyznat. Naše hrdost, naše výchova nesmí spočívat na lži. A pak: ani svou vlastní historii jsme nemohli správně poznat, dokud jsme klopýtali o vymyšlenou minulost.“¹³

Nesouhlas s poznatky, které přinesla tzv. Masarykova družina, se objevoval postupem času čím dál tím sporadičtěji. Pokud se nějaké námitky objevily za První republiky, byly spíše spojeny s útokem na prezidenta Masaryka. Mezi lety 1927 – 1928 byly však RKZ znovu podrobeny fotografickým zkouškám profesora V. Vojtěcha, které v podstatě potvrdily pravost Rukopisů. Se vzrůstajícím nacionalismem před druhou světovou válkou se otázka rukopisů znovu obnovila prostřednictvím fašistického hnutí Vlajka.

¹ Josef Jungmann (1773- 1847) – filolog, spisovatel, překladatel
² František Palacký (1798- 1876) – spisovatel, historik, politik, „Otec národa“
³ Pavel Josef Šafařík (1795- 1861) – spisovatel, historik, jazykovědec
⁴ Julius Feifalik (1833- 1862) – historik zaměřující se na českou středověkou literaturu
⁵ Ivanov, Miroslav: Záhada Rukopisu králové-dvorského, str. 19
⁶ Antonín Vašek (1829- 1880) – profesor, jazykovědec, spisovatel, otec básníka Petra Bezruče (1867- 1958)
⁷ Tomáš Garigue Masaryk (1850- 1937) – pedagog, politik, filozof
⁸ Jan Gebauer (1838- 1907) – bohemista, jazykovědec
⁹ Jaroslav Goll (1846- 1929) – pedagog, historik, básník
¹⁰ Jaroslav Vlček (1860- 1930) – literární historik
¹¹ iniciála – velké iluminované písmeno vyznačující začátek listu nebo kapitoly
¹² Ondrůj, Arnošt: Přehled české literatury pro měšťanské školy, str. 27
¹³ Čapek, Karel: Hovory s T. G. Masarykem, str. 83