Námořní lodě byly pro Hanzu nesmírně důležitým obchodním nástrojem, neboť zvláště díky námořnímu obchodu města jako Lűbeck rozvíjela. Lodě byly i na hanzovních pečetích měst.
Podle lűbeckých předpisů dával příkaz ke stavbě lodi kapitán. Kapitán vyhledával obchodníky, kteří by byli ochotni investovat do stavby lodi – tzv. spolurejdaře. Díky tomu byla usnadňována stavba velkých lodí. Mezi rejdaři a mistrem se uskutečňovala ústní, od 16. století i písemná, smlouva o rozměrech a typu lodi.
Často velice obtížnou věcí při výrobě nových lodí bylo shánění materiálu. Tím materiálem bylo nejen dřevo, ale i železo, měď, konopí a len. Kvůli dřevu hanzovní města skupovala okolní lesy.
Materiál byl přivážen do loděnic, které většinou byly poblíž větších přístavů. V loděnicích, hlavně velkých – např. v Lűbecku nebo v Gdaňsku, pracovalo velké množství tesařů. Stavba lodi se většinou kopírovala podle dřívějších typů, a tak se nové prvky do stavby lodí zaváděly jen velice pomalu.
Ze začátku po expanzi na východ Němci používali především slovanské lodě. V době založení Lűbecku měli Němci už svůj vlastní typ lodí, nazýval se koga. Hanzovní kogy byly nejpočetnější hanzovní lodě vůbec. Není jasné, z čeho se kogy vyvinuly, většinou se předpokládá, že měly původ ve fríských lodích. Ve 13. a 14. století měly kogy většinou do 150 tun nosnosti, objevovaly se případy s nosností i 200 tun.
Další typy lodí se, hlavně ze začátku využívaly celkem zřídka. Jedním z těchto typů byly every. Byly to lehké lodě s nosností do 100 tun. Dalším typem byly hulky. Svůj původ měly nejspíš v rýnských vlečných člunech z římské doby. V době vzniku kog měly hmotnost do 20t. Jejich rozměry se však postupně zvětšovaly, takže později dosáhly nosnosti až 400t. Dalším typem byly kravely. Tento typ nejspíš vznikl v jižní Evropě jako karavely. Stavbu těchto lodí převzali nejen Němci, ale i Holanďané. Kravely dosáhly hmotnosti ještě vyšší než hulky, největší z nich měla nosnost cca 700t.
V hanzovním lodním prostoru měl vedoucí postavení kapitán, často to byl vlastník nebo aspoň podílník na lodi. V pozdějších dobách byl jen velitel lodi z pověření rejdařů. Kapitán najímal a propouštěl posádku, nakupoval výstroje nebo uzavíral nájemní smlouvy. Byla od něj očekávána schopnost úspěšně velet osazenstvu a zodpovědnost za loď a zboží. Kapitánem byl většinou ženatý muž z vyšších společenských vrstev, který znal povětrnostní podmínky a zeměpisnou orientaci.
Ze začátku měly průměrné hanzovní lodě o nosnosti 200 tun asi 20 námořníků, později se jejich počet zmenšil i na méně než polovinu. Námořník musel být fyzicky zdatný a mladší 35 let. Členstvo posádky doplňovali ještě tesaři, kteří opravovali a udržovali loď, lazebníci a lodní kuchař.
Roku 1497 bylo vydáno hamburské lodní právo, které převzalo z Francie instituci lodní rady. Lodní rada se skládala z posádky a spolucestujících obchodníků. V případě nejistoty musela být svolána a členové byli dotazováni na jejich názor o větru a počasí, zda je nebo není vhodné k plavbě.
Plavba lodí v Baltském moři, narozdíl od plavby na sever, měla jednu nespornou výhodu, a tím byl dohled pevniny. Zde se námořníci snadno mohli orientovat podle mlýnů, tvrzí nebo vysokých věží kostelů. Kompas byl totiž v hanzovních lodích zřízen až v 15. století.
Plavba na širém moři skýtala různá nebezpečí. Jedním nebezpečím byly povětrnostní podmínky, zvláště při bouřích hrozilo nebezpečí požáru nebo náraz na skalisko pod hladinou. Dalším nebezpečím byli piráti, kapéři nebo tzv. vitalijní bratři. Mezi těmito skupinami byl jen velmi malý rozdíl. Piráti pocházeli z rodin nižších šlechticů, byli ohroženi chudobou, a z toho důvodu se dali na pirátství. Kapéři byli lidé, kteří za peníze ničili lodě určitého národa. Zpočátku dodržovali rozkazy, ale postupně ničili i lodě státu, který je vyslal na moře. Zvláštní skupinou byli tzv. vitalijní bratři. Vznikli v dánsko – švédské válce o švédský trůn. Pomáhali švédskému králi tím, že zásobovali Stockholm, zároveň však byli piráty.
Jako obrana proti těmto uskupením byly na hanzovních lodích obranné nástroje, jako např. kopí, meče nebo samostříly, od 14. stol. také ruční střelné zbraně, např. hákovnice. Jelikož tyto nástroje nebyly příliš účinné, tak se pořádaly tzv. pacifikační plavby, které sloužily k čištění moře od pirátů a kapérů. Tyto lodě byly naplněny ozbrojenými žoldnéři. Jelikož se pirátství a kapérství rozšířilo, plulo i několik desítek obchodních lodí najednou, které byly doprovázeny několika „admirálskými“ plavidly se žoldnéři. V některých dobách musely být dokonce plavby některých lodí zakázány.
Hanzovní lodě pluli rychlostí 110 – 165 námořních mil za den. Plavební sezona byla omezena hanzovním sněmem z roku 1403 z důvodu nepřízně počasí v zimních měsících v rozmezí mezi 22. únorem a 11. listopadem.