„Povstaňte, znovu povstaňte, Indonésané, znovu povstaňte a budujte!“28
Nicméně další agresí se Nizozemské království dostalo do mezinárodní izolace a navíc ztratilo podporu indonéských spojenců. Indie, Pákistán, Barma, Ceylon a Saudská Arábie uzavřely holandským společnostem letiště a přístavy. Radě bezpečnosti OSN byla zaslána rezoluce založená na rozhovorech z Dillí, které se konaly ve dnech 20. – 23. ledna 1949. Výsledek těchto debat byl podepsán 15 státy – Afghánistánem, Austrálií, Barmou, Ceylonem, Egyptem, Etiopií, Indií, Íránem, Irákem, Jemenem, Libanonem, Pákistánem, Filipínami, Saudskou Arábií, Sýrií. K těmto protestům se nakonec přidaly i Spojené státy americké, Kuba, Norsko a Čankajškova Čína29. Požadovaly zastavení vojenských operací, propuštění indonéských politiků, zahájení jednání a předání svrchovanosti Spojeným státům indonéským nejpozději do 1. července 1950.
Nizozemí politicky prohrálo a pod pohrůžkou USA, že přeruší finanční pomoc, začalo plnit požadavky. Roem-van Royenova dohoda uzavřená 7. května 1949 ukončila partyzánskou válku. 6. července stejného roku se za ohromných oslav vrátil Sukarno s indonéskou vládou zpět do Yogyakarty. 23. srpna poté došlo k začátku jednání v Haagu, která budou známa jako Konference u kulatého stolu.
2. prosince 1949 byly zástupci Indonéské republiky, Spojených států indonéských a Nizozemského království podepsány tzv. Haagské dohody. V těchto mírových smlouvách se Nizozemí zavazovalo stáhnout až na pár jednotek všechny oddíly koloniální armády, předat svrchovanost Spojeným státům indonéským nejpozději do 31. prosince 1949 a to na celém území bývalé Nizozemské Východní Indie. Pouze Západní Irian (Západní Papua) zůstal pod holandskou nadvládou a Východní Timor byl ponechán bez diskuze Portugalsku. Územní integrita Indonéské republiky se vrátila do doby uzavření Renvillské dohody a pak na základě předešlých smluv se stala součástí Holandsko-indonéské unie. Pouze otázka odškodnění nebyla dořešena a spory se táhly až do 60. let 20. století.
Přesto se v Indonésii nadále prolévala krev. Muslimští separatisté toužili vyhlásit svůj Darul Islam (Islámský stát) a boje se vedly až do 80. let minulého století. Demobilizovaní holandští koloniální vojáci se nedokázali smířit s vítězstvím Indonésanů. Proto se kapitán Raymond Westerling, tak nechvalně proslulý krutým postupem vůči partyzánům na Celebesu, rozhodl pokusit se o převrat (tzv. APRA Coup d´état) pomocí jím vedené Legie Ratu Adila30. Podle Westerlingova plánu měla tato jednotka obsadit Bandung a Jakartu, zajmout a zabít několik význačných politiků. Poté se měl do bojů zapojit i kontingent vojáků KNIL, kteří byli umístěni na archipelagu na základě Haagských dohod. Přesto, že se Legii Ratu Adila podařilo obsadit městské centrum a kasárny Bandungu 22. ledna 1950, dobýt Jakartu se nepodařilo. A ani již zmíněný holandský kontingent se nezapojil do bojů. Vrchní velení KNIL se odmítlo účastnit dalšího konfliktu. Nakonec Westerling uprchl a jeho jednotka o síle 2 000 mužů se vzdala.
Dále se některé státy s obavami dívaly, jak Indonéská republika pohlcuje jednoho člena federace za druhým. Spojeným státům indonéským se však osudným stalo tzv. Makassarské povstání. Sukarno se především snažil připojit rozlehlou Východní Indonésii, která zabírala Malé Sundy, Celebes a další ostrovy na východ. Proto vyslal do tohoto státu indonéský vojenský oddíl spolu se žádostí, aby se Celebes a sousední ostrovy dobrovolně připojily k Indonéské republice. Nicméně celebeská vláda se raději obrátila na nizozemský sbor KNIL, který zde udržoval pořádek, a požádala jej, aby provedl převrat. Velící holandský důstojník kapitán Abdul Aziz nabídku přijal, protože Sukarno v podstatě porušoval federativní smlouvy Spojených států indonéských. Dokonce tento velící důstojník prohlašoval, že vlastní dokumenty dokazující spolupráci Sukarna se SSSR. Od 5. dubna až do 21. duna 1950 se holandský oddíl KNIL bránil v okolí Makassaru na jižním Celebesu. Nakonec byl kapitán Aziz zajat a indonéské jednotky poté snadno město dobyly.
Tato demonstrace síly Indonéské národní armády přiměla ostatní váhající státy se konečně připojit k Indonéské republice. 17. srpna 1950 Sukarno jednostranně vystoupil z Holandsko-indonéské unie, zrušil Spojené státy indonéské a tak vznikla jediná Indonéská republika. O čtyři roky později poslední voják Královské nizozemské východoindické armády opustil území archipelagu. Roku 1962 byl připojen Západní Irian a Východní Timor byl anektován roku 1975. Tehdy zavlála nad souostrovím červenobílá vlajka a v celé Indonésii zněla státní hymna – Indonesia Raya. Heslo Indonéské republiky plně vystihovalo danou situaci. Bhinneka Tunggal Ika – různí, ale jednotní.
28 Sukarno, Ahmed: Leť, Radjawali!: Řeč k desátému výročí vyhlášení nezávislosti Indonésie 17. srpen 1955 in: Indonésie žaluje: Sborník statí a projevů, str. 268.
29 Čankajškova Čína – po sesazení posledního císaře v r. 1911 se stala Čína demokratickým státem v čele s Kuomintangem, koaličním blokem komunistů a nacionalistů. Ty však sjednocovala pouze jediná osoba – dr. Sunjatsen (1866 – 1925). Roku 1927 se komunisté v čele s Mao Ce-tungem (1893 – 1976) odtrhli, protože nesouhlasili s názory nového antilevicového vůdce nacionalistů gen. Čankajška (1887 – 1975). Mezi těmito frakcemi se rozhořela krvavá válka, která byla ukončena až invazí Japonska do Mandžuska (severovýchodní Čína), odkud císařské oddíly dále pronikaly do vnitrozemí. Nové nebezpečí tak donutilo Mao Ce-tunga a Čankajška uzavřít mezi sebou napjaté příměří. Nicméně po r. 1945 se bratrovražedné boje rozhořely nanovo a s ještě větší intenzitou. Ale štěstí se začalo přiklánět na stranu komunistů. Čína byla zpustošena a její obyvatelstvo doufalo v nezkorumpovanou vládu a v sociálnější stát než byla Čankajškova diktatura. Právě v lednu r. 1949, v době konference v Dillí, Mao Ce-tungovy armády zatlačovaly síly nacionalistů k východnímu pobřeží. Během jara byly nakonec poslední loajální síly Kuomintangu evakuovány spolu s Čankajškem a státním zlatem na ostrov Tchaj-wan, kde byla vyhlášena Čínská republika. Mao Ce-tung nakonec 1. října stejného roku vyhlásil Čínskou lidovou republiku.
Více informací o změnách režimu a občanských válkách na území Číny můžete najít v knize Kapitoly z dějin mezinárodních vztahů 1914 – 1941 od Dagmar Moravcové, Pavla Běliny a Marka Pečenka (vydal Institut pro středoevropskou kulturu a politiku v r. 1994), a dále také v knize Kapitoly z dějin mezinárodních vztahů 1941 – 1995 (viz zdroje).
30 Legie Ratu Adila, známá též jako Legie Spravedlivého prince nebo jako Angkatan Perang Ratu Adil (APRA) – jednotka tvořená bývalými vojáky koloniální holandské armády, radikálními muslimy, indonéskými křesťany a antirepublikány; jméno je odvozeno z indonéské středověké pověsti, předpovídající příchod Ratu Adila (neboli Spravedlivého prince), který bude mít turecké předky a spasí celé souostroví; „Turek “ Westerling se s touto postavou pravděpodobně ztotožnil.